Spôsob detekcie patogénov použitím molekulárnych majákov

Číslo patentu: E 8028

Dátum: 15.11.2006

Autori: Takács Tibor, Jeney Csaba

Je ešte 22 strany.

Pozerať všetko strany alebo stiahnuť PDF súbor.

Text

Pozerať všetko

Opis 0001 Tento vynález sa týka diagnostiky konkrétne pre organizmy súvisiace so sexuálne prenosnými chorobami a konkrétnejšie detekcie genotypovľudského papilomavírusu (HPV), najmä genitálnych genotypov ľudského papilomavírusu.0002 Podľa Svetovej zdravotníckej organizácie (WHO) je rakovina krčka maternice druhá najčastejšie príčina úmrtí na rakovinu u žien. Prítomnosť HPV infekcie bola celosvetovo preukázaná u viac ako 99 prípadov rakoviny krčka maternice. Ako bolo odhadnuté, celosvetovo sa u viac ako 500 000 žien každý rok vyvinie rakovina krčka maternice. Dokonca aj s programami pre testovaniePap významný počet žien zomrie následkom rakoviny krčka maternice každý rok.0003 Infekcia HPV je celosvetovo najčastejšia sexuálne prenosná choroba(STD) a až 60 sexuálne aktívnych žien bude jedenkrát počas ich života infikované HPV v ich genitálnom trakte. Bez ohľadu na stav infekcie HPV, sa u menej ako 1 z 10 000 vyvinie invazívna rakovina krčka maternice. Skutočnosť,že sa u väčšiny HPV infikovaných žien nevyvinú cytologické anomálie alebo rakovina podtrhuje dôležitosť faktorov upravujúcich postup ochorenia krčka maternice na rakovinu u žien infikovaných HPV. Tieto faktory môžu zahŕňať HPV genotyp a molekulové varianty, zaťaženie vírusom HPV, trvanie HPV infekcie, spoluinfekciu inými STD činidlami, imunitný stav hostiteľa a faktory prostredia, ako je fajčenie.0004 Papilomavirusy sú malé DNA vírusy, ktoré infikujú cicavčie bunky epitelu spôsobujúce proliferatívne lezie epitelu, ktoré môžu byť benígne, napr. fibropapilómy (bradavice), alebo ktoré môžu byť malígne. Všetkypapilomavírusy sú podobné vtom, že majú spoločnú veľkosť genómu,organizáciu, otvorené čitacie rámce a proteínové funkcie. Mnoho, ale nievšetky, oblasti genómu sú, medzi všetkými rôznymi papilomavírusmi konzervované.0005 Vďaka úzkej súvislosti medzi životným cyklom papilomavírusu a stavom diferenciácie hostiteľskej bunky, neboli podrobností životného cyklu papilomavírusu úplne objasnené. Je známe, že papilomavírusy intikujú bazálne bunky epitelu hostiteľa, kde sa vyvinú vírusové genómy a sú udržiavané ako epízómy s nízkym počtom kópií, ktoré sa replikujú v koordinácii s replikáciou hostiteľskej bunky. S tým, ako sa infikované bunky diferencujú na keratinocyty,ampliñkuje sa vírusová DNA, indukujú sa neskoré gény a nasleduje vegetatívna replikácia papilomavírusu.0006 Papílomavírusy infikujú širokú škálu živočíchov, vrátane ľudí. Ľudské papilomavírusy (HPV) (vrátane skupiny Papillomaviridae, Aifa-, Beta-, Gama-,Delta-, Mupapilomaviru a neklasifikovaných rodov Papillomaviridae) sú bežnou príčinou sexuálne prenosných chorôb. Niekoľko typov HPV bolo identifikovaných podľa údajov DNA sekvencie a do súčasnosti bolo plne sekvenovaných 96 genotypov HPV. Genotypovanie HPV je založené na DNA sekvencíách génov L 1, E 6 a E 7. 10 rozdiel v sekvencii s ohľadom na skôr zistené kmene je postačujúci pre definovanie nového typu vírusu.0007 Heterogenita skupiny ľudského papilomavírusu je všeobecne opísaná v devilliers, 1989, J. Virology 63 4898-4903. Genómy mnoho typov HPV boli sekvenované a/alebo charakterizované.0008 HPV sú DNA tumorové vírusy, ktorých genóm je organizovaný do troch oblastí skorý gén (E 1 až E 7), oblasti neskorého génu (L 1 a L 2) a horná regulačná oblasť (URR) alebo dlhá regulačná oblast (LCR). URR má väzbové miesta pre mnoho represorov a aktivátorov transkripcie čo poukazuje na to, že môže hrať úlohu v stanovení rozsahu hostiteľov pre konkrétne typy HPV. Zatiaľ E 1 a E 2 kódujú proteíny, ktoré sú životne dôležité na replikáciu extrachromozómovej DNA a dokončenie životného cyklu vírusu. E 2 kóduje dva proteíny jeden, ktorý inhibuje transkripciu skorej oblasti, a druhý, ktorý zvyšuje transkripciu skorej oblasti. Typickým znakom karcinómu krčka maternice spojeného s HPV je strata expresie vírusových E 2 proteínov. V poslednej dobebol opísaný nový protein E 2 pozostávajúci z produktu malého E 8 ORF s časťou proteínu E 2. Tento protein umožňuje potlačiť replikáciu vírusu a transkripciu, a preto sa predpokladá, že hrá hlavnú úlohu v latencii vírusu.0009 Protein E 4 je exprimovaný vneskoršich štádiách infekcie, ked sú kompletované úplné vírióny, a nie je známe, že by mali transformačne vlastnosti, avšak predpokladá sa, že hrá dôležitú úlohu v maturovaní a replikácii vírusu. Protein E 4 tiež vyvoláva kolaps cytoplazmatickej cytokeratinovej sietev ľudských keratinocytoch, situáciu. ktorá môže pomáhať uvoľňovaniu víriónov z inñkovanej bunky.0010 Zatiaľ otvorený čitaci rámec E 5 (ORF) je v bunkách karcinómu krčka maternice často vynechaný, čo ukazuje, že to nemusi byť nevyhnutné pre udržiavanie malignej transformácie hostitelskej bunky. Ked je prítomný, E 5 interaguje srôznymi transmembránovými proteinmi, ako sú receptory epidermálneho rastového fektora, od doštičiekvodvodený rastový faktor B a koiónie stirnulujúci faktor. Štúdia spoužitím buniek infikovaných HPV 16ukázala, že protein E 5 má slabú transformačnú aktivitu.C 011 Predpokladá sa, že E 6 a E 7 ORF hrajú najdôležitejšie úlohy. Tieto dve jednotky kódujú onkoproteiny, ktoré umožňujú replikáciu virusu a imortalizáciu a transformáciu buniek, ktoré hostia HPV DNA.0012 Jednotky neskorej oblasti, L 1 a L 2 kódujú proteiny vírusového kapsidu počas neskorých štádií zostavovania virusu. Protein kódovaný L 1 je vysoko konzervovaný medzi rôznymi druhmi papilomavirusu. Malý kapsidový protein kódovaný L 2 má viac sekvenčných variácii ako je tomu u proteínu L 1.0013 HPV môže infikovať bazálne bunky epitelu kože alebo výstelok vnútorného tkaniva a sú zodpovedajúcim spôsobom kategorizované ako kutánneho alebo mukozálneho (anogenitálneho) typu.0014 HPV DNA je obvykle extrachromozomálna alebo epizomálna u benignych prekurzorových lézii krčka maternice. Avšak u mnohých rakovinových buniek krčka maternice, rovnako ako u bunkových línii rakoviny krčka maternice a HPV transforrnovaných ľudských keratinocytov in vitro, je HPV DNA integrovaná v hostiteľskom genóme.0015 Rakovinové tkanívá môžu obsahovať zároveň epizomálne a integrované HPV DNA, aj ked sa zdá, že sa integrácia objavuje častejšie u rakoviny krčka maternice spojenej s HPV 18 ako u rakoviny krčka maternice spojenej s HPV 16. Integrovaný HPV 16 je prítomný u niektorých premalígných lézií, ale nie je vždy prítomný u karcinómov. Počas integrácie HPV DNA sa vírusový genóm obvykle štiepi v oblasti E 1/E 2. Rozštiepenie obvykle vedie k strate oblastí E 1 a E 2. Bolo známe, že strata E 2, ktorá kóduje proteíny vrátane toho, ktorý inhibuje transkripciu oblastí E 6 a E 7, vedie k nekontroiovanému a zvýšenému exprimovaniu onkogénnych proteínov E 6 a E 7. Zatiaľ zvýšené exprimovanie E 6 a E 7 bolo pozorované, že vedie kmaiígnej transformácii hostiteľských buniek a tvorbe tumoru. integrácia HPV vírusu do hostíteľskej genómovej DNA je spojená s progresiou z poiykionáineho do monoklonálneho stavu u cervíkáínej intraepiteliáinej neoplázie (CIN) a tieto deje hrajú zásadnú úlohu v progresii od nevýznamnej cervikálnej neoplázie k významnej cervikálnej neoplázii.0016 Štruktúry s nerovnováhou počtu kópií DNA (CNI) sú charakteristické pre štádium cervikálnej skvamóznej intraepiteiovej iézie (SIL), stav ľudského papilomavírusu (HPV) a pooperačnej recidívy. Aj ked niektoré CNI boli pozorované spodobnými frekvenciami u HG-SIL (významná SIL) a LG-SIL(nevýznamná SIL), ďalšie, vrátane dosahovania 1 q, 3 q a 16 q, boli často zistené u HG-SíL, ale nie u LG-SiL. CNI na jeden pripad bolo významne viac u HG-SIL vykazujúcich stratu génu HPV 16 E 2 a u HG-SíL, ktoré sa následne vrátili. Dáta sú vsúlade s postupným získavaním CNI pri progresii cervikálnej SLI. Vyššia frekvencia CNi vsúvisiosti so stratou E 2 génu podporuje in vitro dôkaz, že vysoko riziková integrácia HPV súvisí s nestabiiitou genómu.0017 Na základe dostupných moiekulových, klinických a epidemioíogických dát sú podskupiny HPV jednoznačnými etioiogickými činidlami pre rakoviny krčka maternice a ich prekurzory. HPV boli detegované u asi 90 adenokarcinómov krčka maternice a karcinómov šupinatých buniek. Hlavný podiel HPV infekcií sa vylieči sám, ale pretrvávajúce infekcie pomocou HPV DNA boli nájdené vmetastázach vznikajúcich od tumorov krčka maternice.Avšak známe vysoko rizikové (alebo onkogénne) typy HPV sú významný

MPK / Značky

MPK: C12Q 1/68

Značky: molekulárnych, spôsob, majákov, detekcie, patogénov, použitím

Odkaz

<a href="http://skpatents.com/90-e8028-sposob-detekcie-patogenov-pouzitim-molekularnych-majakov.html" rel="bookmark" title="Databáza patentov Slovenska">Spôsob detekcie patogénov použitím molekulárnych majákov</a>

Podobne patenty